획기적인 벤치탑 시퀀싱 기기를 통해 다양한 기존 및 신규 애플리케이션에서 새로운 발견을 하실 수 있습니다.
Ribo-Seq은 능동 번역 중인 전사물을 식별함으로써 유전자 조절의 중요한 측면에 대한 가시성을 제공할 수 있습니다.
리보솜 프로파일링이란 무엇인가요?
리보솜 프로파일링(ribosome profiling)은 리보솜 보호 mRNA 절편의 딥 시퀀싱을 기반으로 하는 방법입니다. 리보솜 프로파일링은 Ribo-Seq(ribosome sequencing) 또는 ART-Seq(active mRNA translation sequencing)이라고도 하며 특정 시점에서 세포에서 활성화된 모든 리보솜의 ‘스냅샷’을 제공합니다. 이 정보는 연구자들이 어떤 단백질이 세포에서 활발하게 번역되고 있는지 확인하는 데 도움이 될 수 있습니다.
리보솜 프로파일링 분석을 통해 세포 번역 과정을 체계적으로 모니터링하고 단백질 풍부도를 예측할 수 있습니다. 메시지의 어떤 영역이 번역되고 있는지 알아내면 복잡한 유기체의 단백질체를 정의하는 데 도움이 될 수 있습니다. Ribo-Seq을 사용한 리보솜 프로파일링은 대규모 병렬 고처리량 차세대 시퀀싱(NGS)과 결합하여 단백질 생산에 대한 상세하고 정확한 생체 내 분석을 가능하게 합니다.
리보솜 프로파일링의 장점
리보솜 프로파일링을 위한 시퀀싱 라이브러리 생성
리보솜 프로파일링 프로토콜은 종종 크기 배제 크로마토그래피를 사용합니다. 이 방법은 리보솜 보호 RNA 절편을 Illumina 기기의 시퀀싱과 호환되는 라이브러리로 변환하는 단계를 간소화합니다. 특수 장비가 필요하지 않은 간단하고 신속하며 확장 가능한 방법입니다. 반면, 폴리솜과 모노솜을 분리하는 다른 방법은 자당 구배(sucrose gradient) 또는 자당 쿠션(cushion)을 사용한 몇 시간 동안의 초원심분리에 의존합니다.
Ribo-Seq 프로토콜 및 솔루션
Illumina 시퀀싱 기기를 특징으로 하는 다양한 리보솜 프로파일링 출판물을 참조로 사용할 수 있습니다. 예를 들어, 다음의 자연세포생물학 출판물은 초기 신경발달을 연구하기 위한 Ribo-Seq의 사용에 대해 논의합니다. 이 논문에는 Ribo-Seq 샘플 준비 및 데이터 분석 프로토콜이 포함되어 있으며 시퀀싱이 Illumina NovaSeq 6000 시스템 수행되었다는 것을 나타냅니다. 또한 Illumina는 더 이상 Ribo-Seq 라이브러리 준비 키트를 판매하지 않지만, Illumina 시퀀싱에 최적화된 Ribo-Seq 키트는 Immagina Biotech와 같은 다른 회사에서 구입할 수 있습니다.
간행물 읽기: 리보솜 수준 및 신경발달
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추가 리소스
이 시퀀싱 방법은 단일 세포 리드아웃 내에서 세포 표면 단백질과 전사체 데이터를 동시에 정량화합니다.
사용이 용이한 소프트웨어 도구가 바이오인포매틱스 경험에 관계없이 생물학자들을 위해 RNA-Seq 데이터 분석을 단순화시켜 줍니다.
Illumina TruSeq Ribo Profile 키트(단종)는 이 Nature Protocols 종이에 설명된 프로토콜과 시약을 기반으로 했습니다.
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