바이오인포매틱스 전문가의 영역이 되면 RNA 시퀀싱(RNA-Seq) 데이터 분석에 그 어느 때보다 더 쉽게 액세스할 수 있습니다. Illumina는 생물학자를 위해 설계된 직관적인 사용자 인터페이스로 패키지된 푸시버튼 RNA-Seq 소프트웨어 솔루션을 제공합니다.
이러한 사용이 용이한 도구는 유전자 발현 분석부터 전체 RNA 발현 프로파일링 등에 이르기까지 광범위한 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS) 연구를 지원합니다.
당사의 RNA-Seq 데이터 분석 솔루션은 차등 유전자 발현, 전사체 프로파일링 등을 포함한 광범위한 애플리케이션을 지원하여 생물학자들이 유전자 발현 연구의 발견 능력을 극대화할 수 있도록 지원합니다. 인기 있는 RNA-Seq 데이터 분석 애플리케이션을 살펴보세요.
전사물 정량화 또는 유전자 발현 프로파일링은 RNA-Seq 분석에 널리 사용되는 애플리케이션입니다. 시퀀싱 리드를 참조 유전체에 정렬함으로써 정량화 도구는 샘플, 조건 또는 세포 유형에 걸쳐 전사물의 발현 수준을 전달합니다. 이러한 발현 프로파일은 종종 생체표지자 발견, 경로 인리치먼트 및 차등 발현을 포함한 추가 분석을 위한 기초로 사용됩니다.
2차 분석 동안, 차등 유전자 발현 분석은 유전자 또는 RNA 전사물 그룹에서 정규화된 리드 카운트 데이터의 차이를 측정하여 실험 그룹 전반에서 발현 수준의 변화를 정량화합니다. 이 데이터는 표현형 정보, 기능적 유전체학의 생물학적 지식 또는 기타 데이터 소스와 결합하여 연구자들이 2차 분석 결과의 광범위한 영향을 이해하는 데 도움이 될 수 있습니다.
전위, 결실 또는 염색체 역전의 결과로 형성된 하이브리드 유전자를 식별합니다. 이러한 하이브리드 유전자를 식별하면 연구자들이 유전체 불안정성에 대한 인사이트를 얻고 질병 기전, 특히 암에서 이러한 유전자의 역할을 이해할 수 있습니다.1
검사실 및 샘플 관리부터 인사이트 생성에 이르기까지 전체 인포매틱스 워크플로우에 걸쳐 연구자를 지원하는 통합되고 접근 가능한 유전자 발현 및 조절 데이터 분석 솔루션에 대해 알아보세요.
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RNA-Seq 데이터는 Illumina 클라우드 컴퓨팅 플랫폼인 Illumina Connected Analytics 또는 BaseSpace Sequence Hub에서 빠르고 안전하게 전송, 저장 및 분석할 수 있습니다. 두 플랫폼은 RNA-Seq 및 기타 NGS 데이터의 정확하고 초고속 분석을 위해 DRAGEN 2차 분석에 대한 클라우드 내 액세스를 제공합니다. Illumina
DRAGEN 2차 분석은 무손실 유전체 데이터 압축을 사용하여 데이터 무결성을 보존하면서 데이터 저장 공간을 최대 5배까지 줄입니다. Illumina Connected Multiomics는 RNA-Seq 및 멀티오믹스 데이터의 사용자 친화적인 분석 및 시각화를 제공하며 DRAGEN 2차 분석 또는 일부 타사 플랫폼의 입력 파일을 수용하여 유연성을 극대화합니다. 다음 사항에 대해 더 알아보세요.
Illumina의 RNA-Seq 분석 도구의 특징:
자주 인용되는 RNA-Seq 데이터 분석 파이프라인을 기반으로 하는 이 소프트웨어 툴 및 앱은 광범위한 전사체 데이터 분석 요구 사항을 지원합니다.
RNA-Seq 실험의 데이터를 분석하고 해석하는 방법을 알아보려면 이러한 리소스와 기술 팁을 확인하세요.
시퀀싱 데이터 분석 소개
전문가 팀이 실험 설계, RNA-Seq 데이터 분석, 변이 검출 및 de novo 어셈블리에 대해 논의하면서 당사의 시퀀싱 데이터 분석 소개 비디오를 통해 바이오인포매틱스 분석의 주요 개념에 대해 알아보세요.
시작부터 종료까지의 벌크 RNA-Seq 분석 프로세스에 대해 논의하는 선임 바이오인포매틱스 애플리케이션 과학자 Matteo Luberti의 이야기를 들어 보세요. 이 웨비나는 간소화된 포인트 앤 클릭 동작으로 각 분석 단계를 수행하는 방법을 보여줍니다.
Illumina Connected Multiomics로 공간 데이터 분석
Illumina의 기술 전문가가 Illumina Connected Multiomics를 사용한 공간 데이터 분석에 대한 엔드투엔드 개요를 제공하는 것을 시청해 보세요.
단일세포 전사체 데이터 분석 방법
Illumina Connected Multiomics의 기능과 단일세포 전사체 데이터를 분석하고 잠재적인 생물학적 인사이트를 얻기 위한 단계를 자세히 살펴보는 당사의 전문가와 함께하세요.
데이터 분석 후, 기능적 주석을 위해 결과를 Correlation Engine으로 쉽게 전송하여 유전자 발현 변화의 생물학적 효과를 이해할 수 있습니다. 이 오믹스 연구 데이터베이스와 도구 세트에는 생물학적 해석에 대한 정보를 제공하는 수천 건의 공개 연구로부터 수집한 데이터 세트가 포함되어 있습니다. 이 정보는 큐레이션되고 정규화되어 연구자들이 조직, 질병, 화합물 및/또는 유전적 교란에 의한 연관성을 정의하는 데 도움이 되는 추가 검정력을 제공합니다.
Correlation Engine의 일반적인 응용 분야로는 RNA-Seq 연구의 차등 유전자 발현 데이터를 질병 연관성과 연결하고 상관관계가 있는 유전자 및 miRNA 표적을 시각화하는 것이 포함됩니다.
멀티오믹스 연구를 위해 Illumina Connected Multiomics는 전사체학, 후성유전학 및 기타 오믹스 데이터를 해석하고 시각화하기 위한 강력하고 확장 가능한 분석 환경을 제공합니다. 이 소프트웨어는 단일세포 RNA-Seq, 공간 전사체학, 단백질체학, 메틸레이션 데이터 등을 통합합니다. 다음 사항에 대해 더 알아보세요.
Correlation Engine를 통해 피츠버그 대학교 연구자들이 유전자 상향조절 및 하향조절, 유전자 기능, 약물 활성, 기타 작용 기전을 이해하고, 그 결과를 논문으로 출판하고 연구 보조금 지원을 받을 수 있도록 맥락화한 방법에 대해 알아보세요.
University of British Columbia의 School of Biomedical Engineering(SBME) Sequencing Core(이전 BRC-Seq)는 BaseSpace Sequence Hub를 사용하여 데이터를 분석하고 공유합니다. 이 시설의 연구에는 다양한 실험적 치료가 전사체에 미치는 영향을 평가하기 위해 mRNA 시퀀싱 데이터 분석이 자주 포함됩니다. BaseSpace 워크플로우는 검사실이 샘플을 추적하고 고품질 시퀀싱 데이터를 고객에게 제공하는 데 도움이 됩니다.
BaseSpace Sequence Hub에서 다양한 RNA-Seq 방법에 대한 샘플 데이터 세트를 확인하거나 BaseSpace 앱을 테스트하고 대화형으로 결과를 평가해 보세요.
BaseSpace Sequence Hub에 액세스하고 특정 데이터 세트를 보려면 고객 로그인이 필요합니다.
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RNA-Seq 데이터 분석의 일차 목표는 차등 유전자 발현 및 핵심 유전자를 식별하고 원시 시퀀싱 리드를 생물학적 인사이트로 변환하는 것입니다. RNA-Seq 연구에 일반적으로 사용되는 물질의 공급원에는 분류된 세포, 전조직 균질물 및 시험관 내에서 배양된 세포가 포함됩니다.
RNA-Seq은 전사체에 대한 정량적인 전장 유전체 보기를 제공하기 때문에 중요합니다. 데이터 분석은 원시 시퀀싱 데이터를 실행 가능한 생물학적 인사이트와 연결하여 연구자들이 조직, 상태 및 치료 전반에서 유전자 발현이 어떻게 변화하는지 이해할 수 있도록 합니다.2
RNA 시퀀싱 페이지를 방문하거나 RNA 시퀀싱 소개 웨비나를 시청하여 RNA-Seq, 라이브러리 준비 키트, 입력 수량 및 데이터 품질 권장 사항에 대해 자세히 알아보세요.
RNA-Seq 데이터 분석의 여러 주요 단계는 미가공 RNA-Seq 리드가 생물학적 인사이트로 변환되도록 보장하기 위해, 예를 들어 차별적으로 발현된 유전자를 식별하는 데 일반적으로 사용됩니다.
RNA-Seq 데이터 분석의 주요 단계는 다음과 같습니다.
품질 관리 및 트리밍은 시퀀싱 오류와 같은 문제가 있는지 원시 리드를 확인하는 데 QC를 사용하는 RNA-Seq 전처리에서 중요한 단계이며, 트리밍은 저품질 염기 및 어댑터 시퀀스를 제거합니다. 이러한 단계는 궁극적으로 리드 정렬 정확도와 신뢰할 수 있는 다운스트림 분석을 개선하는 데 도움이 됩니다.4
Illumina DRAGEN Single Cell RNA 앱은 기능(읽기 정렬, 전사체 계수, 출력 메트릭스 및 세포별 유전자 매트릭스 분석 메트릭스) 측면에서 10X Genomics Cell Ranger 파이프라인과 유사합니다. 두 파이프라인의 출력은 다운스트림 분석을 위해 Illumina Connected Multiomics에 로드할 수 있습니다. Cell Ranger는 10X 유전체학 데이터에만 적용됩니다. DRAGEN Single Cell RNA 앱은 Illumina Single Cell 3′ RNA 준비 키트에 대해 최적화된 매개변수를 가지고 있지만 여러 assay를 지원할 수 있습니다.
무손실 유전체 데이터 압축 기술은 데이터 스토리지 공간을 최대 5배까지 줄이고 데이터 스토리지 및 전송 비용을 절감합니다.
NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템 애플리케이션
이러한 벤치탑 시퀀싱 시스템은 mRNA-Seq에서 단일세포 RNA-Seq, 표적 인리치먼트 등에 이르는 광범위한 애플리케이션에 활용됩니다.
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