RNA 시퀀싱 데이터 분석 솔루션
사용이 용이한 RNA-Seq 데이터 분석
생물학자를 위해 설계된 접근 가능한 소프트웨어 도구
RNA-Seq 데이터의 직관적인 분석
바이오인포매틱스 전문가의 영역에 들어오면 RNA 시퀀싱(RNA-Seq) 데이터 분석에 그 어느 때보다도 쉽게 접근할 수 있습니다. Illumina는 생물학자를 위해 설계된 직관적인 사용자 인터페이스로 패키지된 간단한 버튼 조작 RNA-Seq 소프트웨어 솔루션을 제공합니다.
이러한 사용이 용이한 도구는 유전자 발현 분석부터 전체 RNA 발현 프로파일링 등에 이르기까지 광범위한 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS) 연구를 지원합니다.
Illumina 도구를 사용하는 RNA-Seq 데이터 분석의 이점
Illumina 클라우드 컴퓨팅 플랫폼인 Illumina Connected Analytics 또는 BaseSpace Sequence Hub에서 RNA-Seq 데이터를 빠르고 안전하게 전송, 저장 및 분석할 수 있습니다. 두 플랫폼 모두 클라우드 내에서 DRAGEN 2차 분석에 접근하여 RNA-Seq 및 기타 NGS 데이터를 정확하고 초고속으로 분석할 수 있는 기능을 제공합니다.
DRAGEN은 무손실 유전체 데이터 압축을 사용하여 데이터 스토리지 공간을 최대 5배까지 줄이는 동시에 데이터 무결성을 유지합니다. Illumina Connected Multiomics는 RNA-Seq 및 멀티오믹스 데이터에 대한 사용이 용이한 분석 및 시각화를 제공하며, 최대 유연성을 위해 DRAGEN 2차 분석 또는 선별된 타사 플랫폼의 입력 파일을 수용합니다. 다음 사항에 대해 더 알아보세요.
Illumina의 RNA-Seq 분석 도구의 특징:
- 바이오인포매틱스 경험에 상관없이 모든 연구자가 이용 가능
- 전문가가 선호하는 RNA-Seq 소프트웨어 도구 제품군으로, Illumina가 개발 또는 최적화하거나 제3자 앱 제공업체의 성장하는 에코시스템에서 도입
- 유전체 발현 정량부터 새로운 전사물(transcript) 검출, 단일 염기 다형성 코딩(cSNP), 유전자 융합(gene fusion) 등의 일반 전사체(transcriptome) 연구를 지원하도록 설계
- 인간, 마우스, 랫트 RNA-Seq 분석에 적합(특정 앱은 추가적인 종을 지원)
- 모든 Illumina 시퀀싱 시스템과 적합
Core Lab에서 BaseSpace를 사용하여 mRNA-Seq 데이터 분석
브리티시컬럼비아 대학교의 BRC-Seq 코어 시퀀싱 시설은 BaseSpace Sequence Hub를 사용하여 데이터를 분석하고 공유합니다. 이 시설의 연구에는 다양한 실험적 치료가 전사체에 미치는 영향을 평가하기 위해 mRNA 시퀀싱 데이터 분석이 자주 포함됩니다. BaseSpace 워크플로우는 BRC-Seq가 샘플을 추적하고 고품질 시퀀싱 데이터를 고객에게 전달하는 데 도움이 됩니다.
인터뷰 읽어 보기주요 RNA-Seq 분석 소프트웨어
자주 인용되는 RNA-Seq 데이터 분석 파이프라인을 기반으로 하는 이 소프트웨어 툴 및 앱은 광범위한 전사체 데이터 분석 요구 사항을 지원합니다.
| 방법 | 주요 도구 |
|---|---|
| mRNA 시퀀싱 | |
| 표적 RNA 시퀀싱 | |
| 소형 RNA 시퀀싱 | |
| 감염병 시퀀싱 |
BaseSpace 앱으로 RNA-Seq 데이터를 분석하는 방법
시퀀싱 런 선택부터 분석 파라미터 선택 및 결과 분석에 이르기까지 일반적인 BaseSpace Sequence Hub RNA 시퀀싱 데이터 분석 워크플로우를 살펴보세요.
차등 발현(Differential expression), 유전자 융합(gene fusion) 검출, 변이 검출(variant calling) 및 원고에 통합할 수 있는 기타 보고서에 대한 설명을 포함하여 소프트웨어가 생성하는 쉽게 해석 가능한 표 및 그래프의 예시를 확인해 보세요.
Technical Note 읽어 보기
RNA-Seq 데이터의 해석
데이터 분석 후, 기능적 주석을 위해 결과를 Correlation Engine으로 쉽게 전송하여 유전자 발현 변화의 생물학적 효과를 이해할 수 있습니다. 이 오믹스 연구 데이터베이스와 도구 모음에는 생물학적 해석을 위한 정보를 제공하는 수천 건의 공공 연구 데이터 세트가 포함되어 있습니다. 이 정보는 선별되고 표준화되어 연구자들이 조직, 질병, 화합물 및/또는 유전적 교란에 의한 연관성을 정의하는 데 도움이 되는 추가적인 검정력을 제공합니다.
Correlation Engine의 일반적인 응용예는 RNA-Seq 실험으로부터의 차등 유전자 발현 데이터를 질환 연관성과 연결하고, 상관된 유전자 및 마이크로 RNA 표적을 시각화하는 것을 포함합니다.
Correlation Engine 살펴보기생물학적 맥락 제공
Correlation Engine를 통해 피츠버그 대학교 연구자들이 유전자 상향조절 및 하향조절, 유전자 기능, 약물 활성, 기타 작용 기전을 이해하고, 그 결과를 논문으로 출판하고 연구 보조금 지원을 받을 수 있도록 맥락화한 방법에 대해 알아보세요.
기사 읽어 보기
샘플 데이터 세트 보기
BaseSpace Sequence Hub를 이용하여 다양한 RNA-Seq 방법에 대한 샘플 데이터 세트를 확인하거나 BaseSpace 앱을 테스트하고 대화형 프로세스를 통해 결과를 평가해 보세요.
BaseSpace Sequence Hub에 액세스하고 특정 데이터 세트를 보려면 고객 로그인이 필요합니다.
멀티오믹스 프로파일링
RNA-Seq 데이터를 후성유전학 및 단백질체학과 같은 다른 기법의 데이터와 결합하여 유전자 발현, 유전자 조절, 단백질 수준을 측정해 보세요.
멀티오믹스에 대해 더 알아보기관련 콘텐츠
대량 RNA-Seq 분석을 간소화하는 방법
시퀀스 판독 정렬부터 QC, 판독 정량화, 차등 유전자 발현 해석 등에 이르기까지 각 데이터 분석 단계를 수행하는 방법을 알아보세요.
유전체 데이터 무손실 압축
무손실 유전체 데이터 압축 기술은 데이터 스토리지 공간을 최대 5배까지 줄이고 데이터 스토리지 및 전송 비용을 절감합니다.
NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템 애플리케이션
이러한 벤치탑 시퀀싱 시스템은 mRNA-Seq에서 단일세포 RNA-Seq, 표적 인리치먼트 등에 이르는 광범위한 애플리케이션에 활용됩니다.
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