将芯片数据转换为有意义的结果

GenomeStudio软件

GenomeStudio软件包由独立的应用模块组成,让您可以比较来自不同应用程序的数据,从而全面了解基因组、基因表达和调控。得益于软件的模块化性质,您可以根据需要添加新应用。

由于GenomeStudio模块结构中集成了插件,因此您可以轻松地将Illumina平台上生成的数据导出到若干第三方软件工具,以进行二级或三级分析。了解有关如何使用GenomeStudio软件分析来自基因分型、基因表达和甲基化芯片以及其他应用实例的数据的更多信息。
 

蛋白分析模块
  • 分析免疫球蛋白实验

GenomeStudio蛋白分析(PT)模块支持对BeadXpress Reader上使用Carboxyl VeraCode Bead生成的数据进行分析。有了该模块,您可以使用标准曲线确定分析物浓度,或实现不同样本之间的蛋白表达水平的差异化。如果可行,还可以将蛋白水平与mRNA表达水平相比较。其结果可以按线条图、直方图、树状图、箱线图、热图、散点图、样本表和基因簇集图直观展现。

PT模块亮点
  • 分析蛋白水平差异,并与mRNA表达水平相比较
  • 按线条图、直方图、树状图、箱线图、热图、散点图、样本表和基因簇集图直观展现结果
蛋白分析模块

借助GenomeStudio软件,可直观地查看并分析Illumina芯片平台上生成的数据。这一强大的解决方案支持对芯片数据进行初级分析。它提供性能优化的工具和用户友好的图形界面,让您可以轻松快速地将数据转换为有意义的结果。

GenomeStudio软件简介
基因分型模块
  • 可对来自250万个标记和探针的SNP和CNV数据进行分析
  • 检测样本离群值

在GenomeStudio中,系统通过Genoplot以图形方式显示基因型,检出的数据点分为若干颜色(红色= AA,紫色= AB,蓝色= BB)。每个样本(点)的基因型针对所指定的SNP标记按其信号强度(norm R)和等位基因频率相对于标准簇位置(深底色区域)检出。

GenomeStudio基因分型(GT)模块支持Infinium和GoldenGate基因分型芯片数据分析。使用此模块,您可以标准化有效的基因分型数据、检出基因型、生成簇、分析数据强度、计算杂合性缺失(LOH),以及分析拷贝数变异(CNV)。GT模块与Infinium LIMS服务器完全集成,因此您可以在GenomeStudio中直接访问数据并管理项目。

在所有GenomeStudio模块中,GenomeStudio Framework以表格形式显示数据输出,方便您使用Illumina Genome Viewer和Illumina Chromosome Browser图形工具轻松、迅速、直观地看到结果。

GT模块亮点
  • 可对来自250万个标记的SNP和CNV数据进行分析
  • 为拷贝数分析预测Log R率和B等位基因频率
  • 检出基因型,标准化并聚集数据,以及生成SNP统计信息
  • 将基因型数据导出到各种第三方应用程序,访问多种CNV算法和拷贝数变异分析工具
  • 生成染色体热图,以便检查多重样本整个基因组的拷贝数变异。
  • 分析两个不同的产品版本在同一项目中的数据
基因分型模块
基因表达模块
  • 分析不同样本之间的基因表达差异
  • 描绘miRNA表达图谱
  • 将单独一个项目中的mRNA和microRNA数据组合到一起

此GenomeStudio树状热图对行(Target ID)和列(Differential Scores)生成簇。在GenomeStudio基因表达模块中的热图工具的帮助下,您可以轻松直观地查看和分析大量数据。

GenomeStudio基因表达(GX)模块支持对Direct Hyb和DASL表达芯片数据进行分析。可让您按线条图、直方图、树状图、箱线图、热图、散点图、样本表和基因簇集图直观查看mRNA和microRNA的差异表达分析。GenomeStudio软件提供了多种简化的数据管理工具,包括对样本、组、组集合和所有相关项目分析的分层结构。

在所有GenomeStudio模块中,GenomeStudio Framework以表格形式显示数据输出,方便您使用Illumina Genome Viewer和Illumina Chromosome Browser图形工具轻松、迅速、直观地看到结果。

GX模块亮点
  • 使用基因级统计分析工具进行差异表达分析
  • 按线条图、直方图、树状图、箱线图、热图、散点图、样本表和基因簇集图直观展现结果
  • 针对样本、组、组集合和所有相关项目分析的分层结构简化数据管理
  • 识别fold-level的变化,执行T-test和ANOVA,并对不同样本组集合之间的结果进行比较
  • 将同一项目下基因表达数据及DNA甲基化和miRNA图谱数据组织并合并起来
  • 将全基因组表达和基因分型数据导出到各种第三方工具,以供eQTL分析
基因表达模块
甲基化模块
  • 在单碱基分辨率下检测胞嘧啶甲基化
  • 识别整个基因组之间的甲基化特征

GenomeStudio甲基化(M)模块支持对Infinium和GoldenGate甲基化芯片数据进行分析。此模块会计算甲基化水平(β值),并分析不同实验组之间的甲基化水平差异,还可让您通过llumina Genome Browser和Illumina Chromosome Browser查看基因组内CpG岛的甲基化状态。

单位点分辨率数据可以按线条图、长条图、散点图、直方图、树状图、箱线图或热图直观展示。此模块还可以让您将同一GenomeStudio项目中的甲基化数据与基因表达图谱实验结合起来,以便寻找甲基化位点的水平(β值)与基因表达水平差异(p值)之间的关联。

甲基化模块亮点
  • 计算甲基化水平并直观显示CpG岛的信息
  • 分析两组实验之间甲基化水平的差异
  • 按线条图、长条图、散点图、直方图、树状图、盒须图、热图或控制摘要报告直观展示结果。
  • 将同一项目中的基因表达图谱数据与甲基化数据合并起来
  • 使用Illumina Genome Viewer显示全基因组数据和β值
  • 在Illumina Chromosome Browser中直观查看一个或多个样本的β值
甲基化模块
多倍体簇生成模块
  • 分析多倍体生物体基因分型数据

多倍体簇生成模块支持多倍体生物体(如小麦和土豆)的基因分型数据分析。它使用”点排序识别聚类结构“(OPTICS)和“基于密度的噪声应用空间聚类分析”(DBSCAN)这两种经典的密度聚类算法,将样本分配给有意义的簇。

对多倍体物种内基因型的分配高度依赖于该生物体的群体和生物学。因此,该模块执行簇分配,但不会检出基因型。

多倍体簇生成模块亮点
  • 视需要检出尽可能多的簇,支持用户研究六倍体或八倍体物种
  • 自动为多倍体生物体生成簇
  • 将簇数据导出到第三方应用程序以检出基因型
多倍体生成簇模块

购买仪器后,即可访问相应的GenomeStudio模块。如果要为其他用户和应用程序提供许可,这些许可可能需要另行购买。

Interested in receiving newsletters, case studies, and information on genomic analysis techniques? Enter your email address.
GenomeStudio软件数据表
GenomeStudio软件数据表

查看GenomeStudio如何针对大范围的基因实验分析方法提供直观的数据和分析结果。

阅读数据表
按键式的信息学
按键式的信息学

借助BaseSpace,任何研究人员无论具有何种程度的生物信息学经验,都能看懂NGS数据分析。

了解BaseSpace
获得GenomeStudio支持
GenomeStudio支持

查找用户指南、计算要求、常见问题及其他技术信息。

获得支持
访问GenomeStudio插件
GenomeStudio插件

访问可解析和分析从GenomeStudio中导出的芯片数据的定制插件和算法。

查找插件
测序数据分析工具
测序数据分析工具

轻松分析、存储、管理和分享新一代测序(NGS)数据。

查找分析工具