Confident and unbiased transcript analysis

Study microbial transcriptomes and metatranscriptomes with next-generation RNA-Seq

微生物转录组学

转录组是指由生物的基因组所编码的一整套RNA。宏转录组学包含复杂样品内的一组生物所编码的所有RNA。对于微生物而言,了解基因表达动态对定量转录本水平很关键,因为生物对环境或宿主条件的变化作出反应。微生物转录组和宏转录组信息对于预测特定抗生素的耐药性,了解宿主与病原体的免疫相互作用,以及追踪疾病发展十分重要.

利用新一代测序(NGS)技术,RNA测序(RNA-Seq)已经成为注释和定量完整转录本的标准方法。研究人员提取出细胞RNA并转化成cDNA,并用其制备测序文库。之后他们将序列定位回参考基因组,提供有关特征的定量信息,比如外显子边界和剪接位点,并提供定量的转录本数据,利于多个实验之间的比较。

与芯片等杂交方法不同,RNA-Seq实现了无偏向、链特异的常见和新颖转录本鉴定。宽的动态范围让单个RNA-Seq实验就能自信鉴定高和低的表达子。通过适合自动化的简化流程,多个样品可一次处理。

目前有多种方法来开展这些实验,但我们建议在流程中的每一步使用这些产品。

注意,如果使用TruSeq RNA sample prep kit,您不需要提取RNA并转录成cDNA。如果您使用RNA提取试剂盒,您需要生成dsDNA模板,用于Nextera XT。

单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。

QuickExtract RNA Extraction Kit

一种从贴壁和悬浮细胞中提取RNA的简单方法。

MasterPure Complete DNA and RNA Purification Kit

同时纯化DNA和RNA,用于多个应用,包括基因组文库制备。

TruSeq Stranded Total RNA Sample Prep Kit

Streamlined, cost-efficient, and scalable solution for total RNA analysis.

注意:如果您使用TruSeq RNA sample prep kit,您不需要提取RNA并转录成cDNA。

Nextera XT Sample Prep Kit

制备小型基因组(细菌、古细菌、病毒)、扩增子以及质粒的测序即用文库的试剂盒。

注意: 如果您使用RNA提取试剂盒,您需要生成dsDNA。

MiSeq System

Speed and simplicity for targeted and small genome sequencing.

MiSeq v3 Reagents Kits

简单易用的桌面式测序仪和试剂,产量达15 Gb

NextSeq 500

NextSeq桌面式测序系统是第一台也是唯一一台能提供外显子组、转录组和全基因组测序的桌面式测序仪。

HiSeq 2500 System

Power and efficiency for large-scale genomics.

HiSeq 2500 reagent kits

最高通量的测序仪及试剂,产量高达600 Gb

MiSeq Reporter

通过简单而直观的图形界面访问初步及二次分析的数据以及每个样品的质量和覆盖度信息。

注意,对于HiSeq或MiSeq的输出,需要fastq文件进行数据解释。

BaseSpace

从BaseSpace上下载文件,在BaseSpace上分享文件。

Microbial Transcriptome Database (MTD)

研究微生物转录组图谱的工具和信息,特别是来自高通量技术的转录组数据

Oases

为生成转录本而设计的De novo转录组组装程序。

Cufflinks

组装转录本,估计其丰度,并在RNA-Seq样品中检测差异表达和调控。

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