组装新的基因组

NGS技术快速、准确地鉴定任何物种

De Novo测序

De novo 测序是指首次测序一种新颖的基因组,并需要测序reads的专门组装。读长、深度以及灵活的双端插入片段大小的独特组合让Illumina测序仪成为de novo测序的理想之选。无以伦比的原始read准确性让您自信、高效地产生高质量的长重叠群组装。.

与Sanger测序等传统方法相比,新一代测序(NGS)能够更快速、更准确地鉴定任何物种。Illumina提供了mate pair测序和long-read技术,作为短序列的补充,可准确、完整地鉴定任何物种。

  • 即使是复杂或多倍体基因组,也能生成准确的参考序列
  • 为绘制新型生物的基因组图谱或完善已知生物的基因组提供有用的信息
  • 阐明高度相似或重复的区域,便于准确的de novo组装
  • 鉴定结构变异和复杂重排,如缺失、倒位或易位
Advantages of de novo sequencing

在首次测序基因组时,使用混合方法可实现更高质量的组装。将双端的短片段序列与mate pair的长片段序列相结合,是最大限度提高覆盖度的理想方式。以更高深度测序的短序列可填补长序列未覆盖的空白。

这种组合可实现最广泛的结构变异的检测,对复杂重排的准确鉴定也至关重要。合成的长序列通过提供由短序列“缝合”在一起而成的长contig,以保持准确性,从而协助组装。

Accurate Genome Assembly

De Novo 细菌进行测序

De Novo细菌测序的建议流程
1 2 3
1 Library Prep

制备
您的文库 使用

利用 Nextera Mate Pair Library Prep Kit 制备您的文库

不使用凝胶和使用凝胶的方法,从少量DNA中制备测序用的mate pair文库。

2 Sequence Efficently

高效
测序 使用

利用 MiSeq 系列高效测序

快速简约,适用于靶向和小型基因组测序。

3 Analyze and Store Data

分析和
存储数据 使用BaseSpace应用程序

Velvet De Novo AssemblyProkka Genome Annotation

适用于细菌样品的按键式de novo组装流程,可快速注释基因和鉴定编码区域。

Illumina边合成边测序(SBS)技术是最广泛采用的NGS技术,生成了全球约90%的测序数据。*

除了业界领先的数据质量,Illumina也提供了从文库制备到数据分析的完整流程,可简化de novo测序。

单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。

Nextera Mate Pair Library Prep Kit

不使用凝胶和使用凝胶的方法,从少量DNA中制备测序用的mate pair文库。

TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep Kit

将较短的序列高度准确地组装成长的测序序列,用于全基因组测序或基因组定相。

MiSeq 系列

快速简约,适用于靶向和小型基因组测序。

NextSeq 系列

灵活的台式测序仪,支持多个应用,每次运行测序1个Nextera Mate Pair样品。

HiSeq 2500 系统

强大高效,每次运行测序4-16个TruSeq Synthetic Long-Read样品或10-15个Nextera Mate Pair样品。

HiSeq 3000/4000 系统

最高通量,最低成本,适合生产规模的基因组学。

平台比较工具

比较各个测序平台,确定最适合您的实验室和应用的系统。

测序试剂

检索为Illumina每个测序系统定制的试剂盒,其中包含测序试剂、流动槽和/或缓冲液。

Nextera Mate Pair
SPAdes Genome Assembler

De novo 组装程序,适合单细胞及分离的基因组。

利用 Velvet 组装程序对细菌基因组进行 De Novo 组装,重点在Nextera Mate Pair的数据。

 

TruSeq Synthetic Long-Read DNA
TruSeq Long-Read Assembly App

C从较短的序列构建合成的长序列,用于 de novo基因组组装和基因组finishing。

可视化
The Broad’s IGV

显示多个样品的比对和变异,以开展复杂的变异分析。

BaseSpace Cloud 或 Onsite

Illumina基因组学计算环境,适用于NGS数据分析和管理。

微生物测序
Microbial Sequencing

微生物全基因组测序是一种重要的工具,可以用来绘制新物种的基因组,完成已知物种的基因组,或比较多个样品的基因组。深入了解微生物全基因组测序

肿瘤-正常测序
Tumor-Normal Sequencing

比较肿瘤及配对的正常样品的全基因组测序数据,为研究人员提供癌症机制的宝贵见解。深入了解肿瘤-正常测序

宏基因组测序
Metagenomic Sequencing

鸟枪法宏基因组测序让研究人员可采样特定的复杂样品中存在的所有物种。通过这种方法,微生物学家可以评估细菌多样性,并研究那些无法培养的微生物,否则它们将难以或无法分析。深入了解鸟枪法宏基因组测序

植物和动物测序
Plant and Animal Sequencing

De novo 测序是了解动植物功能及其与环境相互作用的遗传基础的第一步。一些研究人员利用组装好的基因组来分配图谱位置并堆叠不同品种的信息,用于后续的SNP发现。深入了解植物和动物测序。深入了解植物和动物测序

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BaseSpace中一键式的De Novo序列组装

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* 存档数据计算。Illumina, Inc., 2015