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生物信息学

冠状病毒软件

A Robust and Efficient Coronavirus Software Suite

可靠高效的冠状病毒软件套装

为支持研究人员分析和分享与严重急性呼吸道综合征冠状病毒爆发相关的基因组数据，Illumina发布了Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit，为该病毒的研究人员提供了一种新的数据分析工具和功能套装。

研究人员通过使用这些工具，能够更容易地检测和鉴定样本中的SARS-CoV-2病毒序列，并能将发现共享至重要的公共数据库。

了解我们的软件工具包如何协助:

病毒检测与鉴定

临床应用

宿主反应研究

工作流程管理

Illumina SARS-Cov-2 NGS Data Toolkit
Novel Pathogen Detection DRAGEN Metagenomocs DRAGEN Metagenomics App    
Detection and Surveillance DRAGEN Metagenomocs DRAGEN RNA Pathogen Detection App DRAGEN Metagenomocs DRAGEN COVID Lineage App
Sharing and Collaboration DRAGEN Metagenomocs SRA Import App DRAGEN Metagenomocs GISAID Submission App
The Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit is available on BaseSpace Sequence Hub.

About the Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

The suite of coronavirus software analysis solutions for detection and surveillance of SARS-CoV-2 is free of charge on BaseSpace Sequence Hub, powered by Amazon Web Services (AWS). The toolkit consists of several tools built on the Illumina DRAGEN Bio-IT Platform, and data submission apps on BaseSpace Sequence Hub, which empower researchers to seamlessly submit their findings to public databases.

DRAGEN Metagenomics Pipeline

DRAGEN冠状病毒软件工具

Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit在不断升级发布新的DRAGEN功能，力求充分利用DRAGEN的速度和准确度来加速对传染性疾病的监测和对病毒爆发的响应。工具包中包含DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline和DRAGEN Metagenomics Pipeline，分别用于检测传染性疾病和监测病毒的爆发。DRAGEN冠状病毒工具现可在BaseSpace Sequence Hub上获取，从2020年5月起也将在DRAGEN Server上上线。关于利用DRAGEN Platform检测和鉴定冠状病毒的更多信息，请访问此处。

用于传染性疾病检测的DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline

升级版DRAGEN RNA Pipeline现已上线，其利用基于覆盖度和k-mer的方法，进一步加速了高效的病毒病原体检测。新流程适用于任意DRAGEN RNA-Seq Pipeline运行中的SARS-CoV-2检测，无论使用的是哪种应用。新流程的特点包括：

  • 利用基于覆盖度和k-mer的方法检测病毒病原体，实现全面的检测
  • 兼容Illumina呼吸道病毒靶向富集工作流程
  • 用人参考基因组（hg38）和选定的病毒参考序列作为人和病毒参考序列
  • 集成了FASTA文件生成工具，可将数据上传到公共数据库如GISAID

访问 DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline

用于监测病毒爆发的DRAGEN Metagenomics Pipeline

新DRAGEN Metagenomics Pipeline适用于快速简单地检测鸟枪法宏基因组样本中的种属水平。该流程属于宏基因组类的工作流程，能够以高灵敏度和特异性检测和定量SARS-CoV-2序列，同时能提供其他常见病毒和微生物病原体的读数。

该流程利用的是升级后的数据库，其中包含了多种冠状病毒的特异read，流程最后能输出多种类型的结果，包括Krona图、生物检测和QC报告。BaseSpace上的DRAGEN Metagenomics App能够同时分析多个不同样本，赋予了研究人员研究病毒簇的能力。

访问 DRAGEN Metagenomics Pipeline

View sample data generated by this pipeline:

Krona分类图
生物检测图
DRAGEN COVID Lineage App

This app aligns reads to a SARS-CoV-2 reference genome and reports coverage of targeted regions. It performs:

  • K-mer based detection
  • Map/align, variant calling
  • Consensus sequence generation
  • Lineage/clade analysis using Pangolin and NextClade

Access the DRAGEN COVID Lineage App

 

 

A Robust and Efficient Coronavirus Software Suite

用于临床应用的冠状病毒软件

对于希望生成SARS-CoV-2临床检测报告来诊断有症状的病人是否患有COVID-19的用户，应该将DRAGEN COVIDSeq Test Pipeline与Illumina COVIDSeq检测结合使用。

对于希望生成鸟枪法宏基因组学测序或Respiratory Virus Oligo Panel临床报告的用户，IDbyDNA提供了简单且强大的生物信息学软件，可将测序仪生成的数据转化为可操作的见解。IDbyDNA经过验证的自动Explify平台分析支持35种呼吸道病毒的检测，包括SARS-CoV-2基因组的鉴定。请致电833-397-5439或发送邮件至clientservices@idbydna.com，联系IDbyDNA客户服务，了解更多信息。

 

Comprehensive Workflow Management and Sample Tracking Through BaseSpace Clarity LIMS

用于宿主反应研究的Correlation Engine

Illumina正在为COVID-19研究团体提供免费的合作环境，帮助研究人员更好的了解调节宿主反应的关键因素并识别潜在疗法的生物标志物。

Correlation Engine如何推动您的研究：

  • 把研究数据放到具体的环境中: Correlation Engine挖掘了成千上万的基因组研究成果，使研究人员能够将其数据与世界各地的基因组知识库进行整合，进而获得数据驱动的答案。
  • 加速研究: 通过利用Correlation Engine即时查询成千上万的研究，减少发现所需的时间，使研究人员能够实时进行数据驱动的查询来验证假设
  • 持续更新: Illumina有一个专门的团队致力于使用精选的COVID-19数据更新Correlation Engine，我们也欢迎研究团队的成员贡献他们自己的研究成果，共同推进COVID-19的研究。
  • 集成: Correlation Engine是Illumina全部转录组系列产品集成的延伸，提供从样本到答案的无缝导航。
  • 合作: 在与COVID-19的斗争中，我们齐心协力。Correlation Engine能够帮助研究人员做出贡献并与研究界共享数据，增进我们对COVID-19宿主反应的了解。

深入了解Correlation Engine
开始免费试用

About the Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

Researchers can process samples using Clarity LIMS. Once sequencing is complete, researchers can automatically stream their data into BaseSpace Sequence Hub using the new toolkit.

Powering End-to-End Solutions for
SARS-CoV-2 Detection

Illumina is making it simpler to detect and identify SARS-CoV-2 using NGS with comprehensive, integrated workflows.

Compatible with the Illumina respiratory virus target enrichment workflow, the new toolkit empowers researchers to securely stream data directly off of our full portfolio of sequencers into BaseSpace Sequence Hub for rapid, comprehensive analysis using the DRAGEN RNA Pathogen Detection App. Once analysis is complete, researchers can submit their data to the Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) directly from BaseSpace Sequence Hub.

For researchers looking to enhance their lab efficiency, Clarity LIMS can be used to track and monitor COVID-19 samples, delivering a comprehensive end-to-end solution.

 

Comprehensive Workflow Management and Sample Tracking Through BaseSpace Clarity LIMS

Clarity LIMS Respiratory Virus Panel Workflow

Comprehensive Workflow Management and Sample Tracking

Two new workflows are available for BaseSpace Clarity LIMS:

  1. CDC COVID-19 RT-PCR workflow based on CDC recommendations
  2. Respiratory Virus Panel workflow using Nextera Flex for Enrichment library prep kit

These new workflows can help ensure samples are viable for analysis – allowing laboratories to quickly start processing coronavirus samples from sample accessioning and library prep to performing QC on sequencing runs.

See this software blog post for additional information about the Clarity LIMS COVID-19 tools.

Access BaseSpace Clarity LIMS
Coronavirus Sequencing Solutions

Explore NGS methods and find solutions to detect and characterize SARS-CoV-2 and/or other respiratory pathogens, track transmission, study co-infection, and investigate viral evolution.

Learn More
Easy and Secure Sharing, Collaboration, and Submission to Public Databases

方便安全的共享、合作以及数据提交

BaseSpace Sequence Hub旨在支持研究小组之间进行经过审查的安全的协作。通过工作组等团队之间的数据管理和共享功能，您无需下载文件即可安全地与协作者共享项目、开展分析。

The Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit features several BaseSpace Sequence Hub apps for collaboration. The GISAID Submission App accepts a collection of VCF or FASTA files, along with a metadata CSV for the same samples. The app performs data validation before submitting data to GISAID for further QA and processing.

下载BaseSpace安全和隐私信息

如何获取Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

您可在BaseSpace Sequence Hub上获取完整的Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit。升级版DRAGEN COVID-19工具也将在DRAGEN Server上上线，并将通过DRAGEN API向开发人员开放。*

BaseSpace Sequence Hub上的Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

研究人员现在就可以在BaseSpace Sequence Hub上免费使用Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit，有效期至2020年10月31日。研究人员可以直接将数据从仪器传输到BaseSpace安全的云端环境中，一键式使用整个工具包。

深入了解BaseSpace

特色产品

BaseSpace Sequence Hub和iCredits

BaseSpace Sequence Hub由Amazon Web Services提供支持，您可以利用一套精选的分析应用程序来轻松地管理和分析数据。iCredit是用于购买Illumina基因组数据存储和分析选项的新型货币。

了解更多
DRAGEN Bio-IT平台

Illumina DRAGEN Bio-IT平台能对测序数据进行准确的超快速二级分析。

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NextSeq 2000系统和试剂

NextSeq 2000系统同时支持中通量的新兴应用和外显子测序、靶向富集、单细胞图谱分析、转录组测序等一系列方法。

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如欲申请使用DRAGEN API，请填写下表。
COVID-19 Host Risk and Response

Understanding host genetic differences and individual responses to the SARS-CoV-2 virus increases understanding of disease susceptibiliity and severity. Read more about the methods for host risk & immune response studies.

Learn More
The Illumina Community

其他软件工具

靶向富集流程

DRAGEN Enrichment Pipeline也可用于检测和鉴定SARS-CoV-2。现可在BaseSpace Sequence Hub上以极低的单位样本价格获取该流程，也可从DRAGEN Server上获取。

了解更多

*BaseSpace Sequence Hub SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit可免费试用6个月，有效期至2020年10月31日。同时，Illumina为COVID-19研究人员提供1年的Clarity LIMS免费试用资格。