RNA-Seq数据的直观分析
随着生物信息学领域的成熟，RNA测序（RNA-Seq）数据分析比以往更容易。Illumina提供了具有直观用户界面的按键式RNA-Seq软件工具，该工具专为生物学家设计。
这些用户友好型工具支持从基因表达分析到总RNA表达谱分析等多种新一代测序（NGS）研究。
使用Illumina工具进行RNA-Seq数据分析的优势
可以在Illumina Connected Analytics或BaseSpace Sequence Hub（Illumina多组学云端计算平台）中快速安全地传输、存储和分析RNA-Seq数据。两个平台均提供对DRAGEN Bio-IT平台的云内访问，以便对RNA-Seq和其他NGS数据进行准确、超快速的二次分析。
DRAGEN采用无损基因组数据压缩技术，最多可将数据存储空间缩小5倍，同时保持数据完整性。了解详情：
我们的BaseSpace RNA-Seq应用程序:
- 适用于任何研究人员，无论是否有生物信息学经验
- 专家优选的RNA-Seq软件工具套装，这些应用程序或是由Illumina开发或优化，或是选自不断发展的第三方应用程序供应商生态系统
- 为支持从转录本丰度测定到检测新转录本、编码序列单核苷酸多态性（cSNP）、基因融合等常见转录组研究而设计
- 适用于人类、小鼠和大鼠RNA-Seq分析（某些应用程序支持更多物种）
- 兼容所有Illumina测序系统
核心实验室使用BaseSpace分析mRNA-Seq数据
英属哥伦比亚大学的BRC-Seq核心测序实验室使用了BaseSpace Sequence Hub来分析和共享数据。他们的研究经常涉及对mRNA测序数据的分析，以评估不同实验处理对转录组的影响。BaseSpace工作流程可帮助BRC-Seq追踪样本并为客户提供高质量的测序数据。
阅读访谈录Featured RNA-Seq Analysis Apps
基于经常引用的RNA-Seq分析流程，这些App支持多种转录组数据分析需求。用于常用方法的Illumina BaseSpace RNA-Seq App列于下表中。
| 方法 | 特色App |
|---|---|
| mRNA测序 | |
| 靶向RNA测序 | BaseSpace RNA Amplicon App |
| 小RNA测序 | BaseSpace Small RNA App |
| 传染病测序 |
How to Analyze RNA-Seq Data with BaseSpace Apps
Walk through a typical BaseSpace Sequence Hub RNA sequencing data analysis workflow, from choosing your sequencing runs through selection of analysis parameters and analysis of results.
View examples of the easily interpretable tables and graphs that the software generates, including descriptions of differential expression, gene fusion detection, variant calling, and other reports that can be incorporated into a manuscript.
Read Technical Note
Interpretation of RNA-Seq Data
After data analysis, results can be transferred easily to BaseSpace Correlation Engine for functional annotation, to understand the biological effects of gene expression changes. BaseSpace Correlation Engine contains data sets from thousands of public studies that inform biological interpretation. Connect differential gene expression data from RNA-Seq experiments with disease associations, or visualize correlated genes and microRNA targets.
Explore BaseSpace Correlation EngineSimplifying Genomic Data Mining
Learn how BaseSpace Correlation Engine facilitates genomic data interpretation. See examples of distinguished universities and pharmaceutical companies that have cited this tool in peer-reviewed publications.
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View Sample Data Sets
See sample data sets for various methods in BaseSpace Sequence Hub, or test BaseSpace Apps and evaluate the results interactively.
Note that a customer login is required to access BaseSpace Sequence Hub and view specific data sets.
Multiomics Profiling
Combine RNA-Seq data with data from other modalities such as epigenetics and proteomics, to measure gene expression, gene regulation, and protein levels.
Learn More查看样本数据集
查看我们的基因组学云计算环境BaseSpace Sequence Hub中多种方法的样本数据组，或者试用BaseSpace App并交互评估结果。
注意，客户需要登录才能访问BaseSpace Sequence Hub和查看特定数据集
如何用BaseSpace App分析RNA-Seq数据
了解典型的BaseSpace Sequence Hub RNA测序数据分析工作流程。了解如何分析结果，查看软件生成的易于解析的表格和图片实例。
阅读技术说明RNA-Seq数据的解析
数据分析结束后，结果可以方便地传送至BaseSpace Correlation Engine进行功能注释，以了解基因表达变化引起的生物学效应。BaseSpace Correlation Engine含有来自数以千计的公开研究的数据组，可用于生物学解析。该软件可将RNA-Seq实验得出的差异性基因表达数据与疾病关联，或将相关基因与小RNA靶标图形化。
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