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Applied Genomics

宽吻海豚基因组向研究人员公开

促进比较基因组学的研究,为编写生物多样性提供框架

宽吻海豚基因组向研究人员公开
2018年9月12日

Illumina公司、海洋世界(Sea World)、Plant with Purpose机构、NRGene公司、约翰霍普金斯大学以及海洋开发研究所(Ocean Discovery Institute)的一组研究人员已经完成并捐献了大西洋宽吻海豚(Tursiops truncatus)的高级组装。诸如此类的高质量基因组对解决育种、比较生物学、医学和保育规划的挑战至关重要。与夏威夷僧海豹和非洲野狗一样,这个基因组组装正面向科学家公开,以激励比较基因组学的研究,为编写生物多样性提供框架,并最终支持有关物种保护和管理的决策。

科学家在这个项目中利用多种方法的组合来改善宽吻海豚的组装结构。目前提供的两种基因组组装如下:

1)     传统的“单倍体”组装(Tur_tru_Illumina_hap_v1) — 典型的两种亲本单倍型的嵌合体

单倍体组装可从此处获得:  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA476133

2)     构建单倍型的“二倍体”组装 (Tur_tru_Illumina_dip_v1) — 每个支架代表单条同源染色体的序列

构建好的从头组装具有最高的质量,为科学界探索海豚基因组的杂合性提供了新颖而准确的方法。二倍体组装可从此处获得: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA478376 

宽吻海豚是目前研究最多的海洋哺乳动物之一。然而,宽吻海豚属(Tursiops)的分类问题尚未解决。为了将这个物种引入基因组学时代,高质量的参考基因组是关键,因为它为在全基因组水平编写物种内部和物种之间的多样性提供框架。此外,海豚与其他哺乳动物之间的平行分子轨迹让宽吻海豚成为一个有用的模型,有助于了解人类健康的多个方面,如代谢过程/糖尿病、蛋白质组学和衰老。关于如何收集数据以及高质量数据的详细信息,请阅读原文

 

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