鉴定和比较复杂微生物组或环境中的细菌

NGS为鉴定那些用其他方法也可能无法发现的菌株提供了一种无需培养的方法

16s rRNA测序

16S核糖体RNA (rRNA) 测序是一种常用的扩增子测序方法,用于鉴定和比较特定样品中存在的细菌。16S rRNA基因测序作为一种成熟的方法,适用于研究复杂微生物组或环境中样品的系统发育和分类,而这些研究之前很难或无法开展。16S研究的数据可改善分类指定的灵敏度和特异性,使其下降到物种的水平。

与毛细管电泳测序或PCR方法不同,新一代测序 (NGS) 是一种无须培养的方法,可实现样品中整个微生物种群的分析,包括鉴定那些利用其他方法未发现的物种。通过在一个测序运行中集合多个样品的能力,微生物学研究人员能够经济高效地开展基于NGS的16S rRNA测序,以鉴定那些利用其他方法未发现的菌株。

目前有多种方法来开展这些实验,但我们建议在流程中的每一步使用这些产品。

单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。

Meta-G-Nome™ DNA Isolation Kit

从水、土壤和堆肥样品的微生物中分离可即用于fosmid克隆的宏基因组DNA

SoilMaster™ DNA Extraction Kit

从各种环境样品中回收可即用于PCR的DNA。在热去污剂裂解过程之后,通过层析去除与DNA共同提取出的有机抑制剂。

ExtractMaster™ Fecal DNA Extraction Kit

从粪便样品中回收可即用于PCR的DNA。在去污剂裂解过程之后,通过层析去除与DNA共同提取出的小分子抑制剂。

Nextera XT Sample Prep Kit

在不到90分钟的时间内制备小型基因组(细菌、古细菌、病毒)、扩增子以及质粒的测序即用文库,而手工操作时间只有15分钟。

MiSeq 系统

Speed and simplicity for targeted and small genome sequencing.

MiSeq v3 Reagents 试剂盒

简单易用的桌面式测序仪和试剂,产量达15 Gb。

MiSeq Reporter

为16S宏基因组学流程而生成的分析输出文件提供了每个样品序列的分类。关于详细信息,请参见 用户手册

BaseSpace

BaseSpace上为16S宏基因组学流程而生成的分析输出文件提供了每个样品序列的分类。关于详细信息,请参见用户手册。.

Quantitative Insights into Microbial Ecology (QIIME)

开源软件包适用于微生物群落的比较和分析,主要是基于高通量的扩增子测序数据。

Greengenes

16S rRNA基因数据库和分析工具

Metagenome Analyzer (MEGAN)

分析宏基因组的软件,来自蒂宾根大学。

Ribosomal Database Project (RDP)

RDP向科学界提供了核糖体相关的数据和服务,包括在线数据分析以及经过比对和注释的细菌和古细菌小亚基16S rRNA序列。.

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MiSeq, 16S rRNA Sequencing and the American Gut Project
MiSeq, 16S rRNA 测序与美国肠道计划
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16S rRNA Sequencing Webinar
16S rRNA 测序网络研讨会
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Hospital Microbiome Projects
医院微生物组项目

了解医院获得的微生物感染以及家庭、医院和地球微生物组项目的动态。

 
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High-Speed, Multiplexed 16S Metagenomics Studies
高速、多重的16S rRNA测序

利用我们简单的流程,在2天内将复杂的微生物种群鉴定到属的水平。

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16S rRNA Sequencing Protocol
16S rRNA 测序方案

16 s rRNA扩增子测序证明方案。查阅 FAQs

查看方案 (PDF)