2021年3月17日
此次疫情前所未有，来势汹汹，波及全球。因美纳作为全球领先的基因测序和芯片技术公司，以技术赋能病原体基因组测序，持续支持新冠疫情监测。
2020年新年伊始，即传来了警报。中国武汉出现的疫情，迅速发展为迫在眉睫的公共卫生事件，也为这极不平凡的一年划下了历史性的一笔。自2020年1月起，世卫组织已经意识到武汉出现了类肺炎病例的爆发，这种新型冠状病毒感染引起的症状与普通感冒类似，并持续发酵。随着时间的推移，疫情迅速蔓延，冲破国界，席卷全球。
2019年底，因美纳即接到上海市公共卫生临床中心（SPHCC）发来的需求，望协助其实验室研究团队部署高通量测序仪，对武汉患者的病毒样本进行深度转录组测序。2020年1月10日，SPHCC公布了首个Sars-CoV-2病毒基因组。当美国华盛顿州发现境内首例疑似新冠肺炎患者时，当地疾控人员连夜采用聚合酶链式反应检测（PCR）确诊了病情。
当时人们才意识到，新冠病毒已经在美国本土传播了数周、甚至数月。疫情持续影响着人们的生活，而我们还未意识到它的存在1。
时至今日，病毒已经发展到新的阶段。当下，与病毒的抗争迂回曲折，每当发现新的病毒变异，我们就要紧追不舍地进行病毒监测。
因美纳在新冠疫情监测上投入了很多，我们坚信基因测序技术将成为阻止疫情蔓延的关键。即便如此，我们要做的还有很多。当下，测序工作正迅速开展。但截至2021年2月初，美国仅对0.36%的新冠病毒病例进行了测序并公布了结果2。英国和澳大利亚很早便采用因美纳平台进行病毒监测，欧盟、新加坡和南美国家也紧随其后。
“唯有对一定比例的阳性样本进行测序，累计并共享数据，这样当病毒出现变异时，我们才能加以辨识，”因美纳首席医学官Phil Febbo博士解释道：“坦率来说，美国在这一进度上远远落后了。”32021年2月，就病毒样本的测序数量上来看，美国排名第36位。幸运的是，自那时起，病毒测序工作一直在加速开展。
SARS-CoV-2病毒的每一条RNA链都含有大约30,000个核苷酸。这些核苷酸是决定病毒如何运作、复制和传播的密码。当病毒序列发生变化时，这些变异会影响病毒的检测方式、传染性以及其对疫苗的反应。
新冠病毒变异毒株B.1.1.7的发现和据悉导致纽约疫情呈指数级上升的B.1.526变异株5，使得美国将工作重心转向病毒监测。
首席医学官Phil Febbo一直呼吁，我们需要对新冠病毒监测予以支持，随着新冠病毒变异株的出现，人们也纷纷采取行动。2021年2月1日，美国疾病预防控制中心（CDC）与因美纳、Helix以及Quest Diagnostics和LabCorp这些行业龙头企业加大合作，承诺每周分析6,000个病毒基因组2。该项工作的开展，将使目前的病毒测序量增加近三倍。仅在过去的一个月中，病毒测序就让我们更好地了解了美国境内病毒变异株的种类和比例。
让Quest和LabCorp这样的大型诊断实验室，以及美国各州的公共卫生实验室参与进来，将有助于避免出现‘基因组荒漠’的情况。2
为了应对日益严峻的病毒变异威胁，美国正在采取行动，推进病毒测序和监测工作。2021年3月11日，拜登总统签署了《2021年美国救援计划法案》。其中包括17.5亿美元的资金拨款，用于支持美国CDC提高测序能力，识别病毒突变和传播。为达到该目标，必须做到：
- 高质量测序以确保病毒基因组和菌株分型准确
- 周转时间短（不超过5天）以保证所获信息对制定公共卫生对策有用
- 科学界间应当保持公开透明，数据共享
- 政府应当报销实验室运行测序的费用
这些最近的发展验证了基因测序的力量，并强调了提升病毒监测的意识，增加了测序采用的机会。最初的模型显示，对5%的阳性样本进行测序，可能有助于在新的变异病毒变得普遍和广泛传播之前，及时捕获它们6。然而，由于疫苗具有“逃逸”变异的可能性，这一比例很可能需要提高。
根据目前了解到的信息，2021年的病原体测序工作拥有不可估量的发展势头。在对SARS-CoV-2病毒突变进行的检测和鉴定过程中，Illumina COVIDSeq™ 检测这样的产品发挥着至关重要的作用。该检测方法在检测时可以提供SARS-CoV-2的全长序列，并且随着对病毒测序的需求越来越普遍，整体采用率也越来越高。Illumina COVIDSeq™ 检测在美国已获得美国食品药品监督管理局紧急使用授权使用，在新加坡也获得了新加坡卫生科学局的临时授权使用。在美国以外的地区，因美纳可提供本产品的科研使用（RUO）版本。
抗击新冠肺炎疫情的斗争仍在继续。在这场斗争中，全球承诺将公有和私有力量相凝聚，协同卫生系统共同抗疫，这对于我们应对未来的威胁至关重要。虽然时间紧迫，但病原体基因组监测给我们带来了希望。
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