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癌症研究, 肿瘤

肿瘤学家和病理学家从临床角度谈CGP

威尔康奈尔医学院内部开展的全景变异分析如何提升研究能力并造福患者

肿瘤学家和病理学家从临床角度谈CGP
2021年11月18日

纽约长老会医院/威尔康奈尔医学中心专攻肺癌的医学肿瘤学家Ashish Saxena博士说:“大多数情况下,当患者坐在我面前时,他们已经知道自己得了癌症,想要为此做些什么。”该中心可以开展 全景变异分析(CGP),这种方法可以检测300个或更多的致癌基因,以识别与突破性疗法相关的生物标志物,这些疗法可以轻松用于治疗癌症患者。

CGP检测在2012年首次推出时,只有几个中心实验室能够处理活检样本,并且需要数周时间才能获得结果。现在,越来越多的机构正将实验室搬到诊所里,使得实验室离接受检测的患者更近,比如威尔康奈尔医学院(其CGP检测得到了纽约州的批准)。这意味着可以更快地获取结果,这将是该检测的一个重大优势,因为任何形式的等待或推迟“显然都会使患者紧张不安。实际上,在内部开展CGP检测缩短了获得结果的时间,有助于我们做出诊断和治疗决策,”Saxena博士说,他同时也是纽约市威尔康奈尔医学院的医学助理教授。

纽约长老会医院/威尔康奈尔医学中心的Wei Song博士和Ashish Saxena博士

分子病理学协会(AMP)2021年数字化体验期间,Saxena博士和其同事,威尔康奈尔医学院的病理学家、分子病理学系主任、临床基因组学实验室主任Wei Song博士,讨论了开展CGP检测对他们所在机构的影响。研讨会的题目为“从病理学家和肿瘤学家的角度谈谈在医院内部开展全景变异分析的意义。”会议由Illumina全球医疗事务部副主任Prithwish Pal主持。

2017年,威尔康奈尔医学院和纽约长老会医院/威尔康奈尔医学中心启用了新一代全外显子组测序流程。在接下来的几年里,他们又启用了三个NGS流程:一个用于检测实体瘤(143个基因),一个用于检测骨髓瘤(48个基因),最后一个用于实体瘤的反复检测(500多个基因)。目前,他们每年检测大约3,000份样本。

Song博士说:“四年来,我了解到医院内部检测的成功率非常高。我们DNA检测的成功率为98%。RNA检测的成功率为94%。CGP检测为我们带来了如此高的成功率,更快的周转时间(大约7到10个工作日),以及病理学家和肿瘤学家之间的深入交流[已被证明非常有用]。”

Saxena博士说:“我认为,对我们中的很多人来说,真正的益处是我们能与分子病理学家和病理学家进行实时、快速、便捷的沟通。”无需与外部实验室联系,确认其接收情况,确保正在进行检测,询问组织是否足够或是否需要再做一次活检。“因为肿瘤学家会十分沮丧,尤其是对患者感到抱歉,患者前来却告诉他们,‘实际上,我们还没有得到结果。’”Saxena博士知道何时能够获得结果,因此可以相应地安排日程,并获得初步信息。“我可以为与患者的谈话做好适当的准备,并向他们介绍将进行何种治疗。”

另一个优势是能够检测多份样本。Saxena博士和Song博士有一名老年患者,她的右肺上叶有多个肿瘤结节。Saxena说:“问题是,它们是独立的原发性肺癌结节,还是同一肿瘤在同一肺叶内发生转移的结果?作为一名肿瘤学家,这对我来说非常重要,因为这个答案将决定我将为患者推荐哪种治疗方法。”

病理结果显示肿瘤结节的组织学类型相同,均为浸润性腺癌。最大的结节为2.2厘米,未见局部淋巴结转移。但它们是独立的原发病灶吗?

Saxena博士说:“当时并不能完全确定。但我们能够在内部对所有3份样本进行全景变异分析。这位患者实际上也求助了另一家机构。我和那里的肿瘤学家交流过,她不相信我们能够分别检测三份样本。因为他们无法做到,只能送检外部实验室。”

结果显示,肿瘤样本1和3具有相同的突变,但样本2具有其它类型的基因组变异。这意味着发生了转移,患者实际上患有2B期非小细胞肺癌。

另一名患者的肺部也有一个结节。最初在内部进行基于扩增子的panel未在161个基因中检测到突变,这很不寻常,Saxena博士解释说,因为这名女性才30出头,而且没有吸烟史。所以他们采用了杂交捕获CGP,一个包含500多个基因的panel。他们发现了一个RET融合突变,可以对靶向RET疗法产生反应。Song博士说:“这种新的CGP 500 panel具有不同的融合检测方法。其杂交捕获优于基于扩增子的方法,因为它可以检测任何融合。基于DNA的融合检测可能会漏掉一些融合。基于RNA的融合检测相比之下更加全面。这是该领域最佳的融合检测方法之一。”

融合和突变的存在与否(只能通过CGP检测到)决定了患者是否适合接受靶向药物治疗或入组临床试验。这些临床试验,以及其他研究,对威尔康奈尔医学院这样的教学医院来说“极其重要”。CGP产生的数据可以帮助启动试验和研究,从而改善患者预后。Saxena博士说:“有些研究对处于特定阶段的任何人都开放,但越来越多的研究集中在特定的基因组亚型或畸变上。我们拥有来自许多患者的大量数据,这些患者存在公司或进行试验的人感兴趣的突变。”而且,Song补充说:“内部检测的好处是我们可以非常迅速地汇总数据。很多时候,当我们送检时,返回的是一份PDF文件。因此需要更长的时间来生成数据。”

但在内部开展CGP检测不仅关系到数据的可用性,还关系到专业知识的可用性和可及性。Saxena博士说:“我认为病理学家和医学肿瘤学家之间的合作对研究、患者护理和相互学习非常重要。”他经常与Song博士通过电子邮件、电话沟通,并一起开展肿瘤研究。他还说:“当我和其他肿瘤学家交流时,他们都非常羡慕我能做这些事情。因为他们很难获得所需信息并把事情做好。所以我真的很感激可以与Song博士交流,并开展这种合作,因为这对我来说非常有价值,不是每个人都拥有这种机会。”

Song博士说:“同样,知道肿瘤学家需要哪些信息来改善治疗,对我们来说也是非常有帮助和重要的。这种互动实现了我们之间的双赢。”

随着精准肿瘤学领域以及诊断和治疗手段的快速发展,我们即将迎来一个全新的时代,这非常令人兴奋。Song博士说:“近一个世纪以来,我们一直使用组织学或形态学来定义癌症。我认为是时候使用分子图谱来定义癌症了。”

 

如需查看Illumina的AMP 2021数字化体验活动页面,请点击此处

如需点播观看上述研讨会,请点击此处

如需了解更多关于全景变异分析的信息,请点击此处

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