Case Study

澳大利亚基因组学中心扩大其服务范围,与世界各地的研究人员合作

NovaSeq 6000系统测序的低成本引发了新项目和新客户的增长。

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澳大利亚基因组学中心扩大其服务范围,与世界各地的研究人员合作

总结

概述

迪肯基因组学中心想要提供并开展更大规模的测序项目。

挑战

找到可以扩展到更大测序项目并支持多种应用的高通量NGS系统。

解决方案

Chris Austin教授和他的团队选择了NovaSeq 6000系统。

优势

NovaSeq 6000系统正在支持迪肯大学的研究,支持中心发展为基因组学中心,吸引世界各地的合作者。

简介

Chris Austin博士在2017年底建立了迪肯基因组学中心。1该中心最初有一台MiSeq™系统可以开展测序项目。MiSeq系统可用于微生物测序和基因组浅层测序。不久,迪肯基因组学中心收到了更大规模的项目请求,这些项目的需求超出了MiSeq系统的能力。他们开始将测序外包给使用HiSeq™系统的服务供应商。虽然数据质量很好,但费用昂贵,而且周转时间很长。

“我们意识到,我们最好购买一个可以扩大规模的高通量新一代测序(NGS)系统,用于更大规模的测序项目,”Austin教授说。“我们还需要一个能够支持靶向、全基因组测序(WGS)、全外显子组测序(WES)和RNA测序等多种应用的系统。我们之前得到了Illumina对MiSeq系统的良好支持。这让我们更有信心选择NovaSeq 6000系统。”

 

 

 

以下为替代文本
Chris Austin博士,迪肯大学生命与环境科学学院的教授和院长。
以下为替代文本
Larry Croft,基因组学副教授,迪肯基因组学中心主任。

 

 

 

不只是提供高通量测序

NovaSeq 6000系统不仅只是可以提高迪肯大学的研究能力。基因组学副教授、迪肯基因组学中心主任Larry Croft表示,“它让我们能够将NGS纳入教学计划。现在,我们的本科生和研究生都可以进入实验室,了解如何开展文库制备。他们可能不会进行实际操作,但他们可以了解NovaSeq 6000系统能够做什么,理解NGS和基因组学的整个概念。”

NovaSeq 6000系统还支持迪肯基因组学中心在基因组学中心方向上的发展。“我们拥有澳大利亚大城市以外唯一的NovaSeq 6000系统,”Austin教授说。“它已经成为迪肯研究人员的宝贵平台,也是吸引国际合作者和研究伙伴的重要资产。除了在基因组学方面与我们合作,他们还会将学生和工作人员送到迪肯大学接受培训。这是我们另外一种从新的基础设施和NovaSeq 6000系统中获益的方式。”

加速迪肯大学和全球的研究

迪肯基因组学中心正在利用NovaSeq 6000系统进行大规模测序。“我们能做的不仅仅是基因组装,”Austin教授补充道。“我们可以同时对数千个不同个体的样本进行WGS,或者进行基因组浅层测序来支持选择性育种和进化研究。它具有多种功能,还可以进行RNA-Seq。”

“我们可以同时对数千个不同个体的样本进行WGS,或者进行基因组浅层测序来支持选择性育种和进化研究。”

该系统简单易用,新的工作人员能够快速学会操作方法。“文库制备非常快,而且通量惊人,”Croft副教授说。“两天之内,它可以在一个流动槽上产生近4TB的数据。从理论上讲,我们每两天可以产生8TB的数据。这大大提高了我们的处理能力。我们可以同时对数百个甚至上千个基因组进行测序,而不是只对一个基因组进行测序。”

Croft副教授很喜欢这款灵活的系统,它可以同时运行多个项目。Croft副教授补充道:“我们可以在4个不同的流动槽通道上加载许多不同项目的样本。在一次运行中,我们可以用不同片段大小的样本进行混合的转录组测序和基因组测序。”

更低的测序成本吸引了更多的项目

NovaSeq 6000系统大大降低了迪肯基因组学中心的测序成本。Croft副教授说:“这为测序带来了新的可能性。在拥有NovaSeq 6000系统一年之后,我们现在正在进行的独立项目多达90个。到明年,我们希望有200–300个测序项目。我们还没有充分发挥NovaSeq 6000系统生成数据的能力。我们正在确保我们实验室有足够的基础设施,特别是生物信息学人员来适应这种增长。在未来的一段时间内,NovaSeq 6000系统足以满足我们的需求。”

支持新的研究

Austin教授说:“NovaSeq 6000系统创造了许多新的研究机会,并且能够为其提供支持。我们正在研究重要的问题,为那些原本可能无法解决的关键问题寻找答案。没有它,我们的研究将平庸而乏味。我们将以更小的规模上执行更少的项目。”

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深入了解本案例研究提及的系统:

NovaSeq 6000系统

HiSeq 2500系统

MiSeq系统

参考文献:
  1. Deakin Genomics Centre.Deakin University.www.deakin.edu.au/life-environmental-sciences/facilities/deakin-genomics-centre.Accessed April 2, 2019.