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全景变异分析

利用全景变异分析聚焦癌症

通过单次NGS检测同时评估多种癌症的多个生物标志物

在单次检测中检测多种生物标志物

CGP能够在核苷酸水平检测生物标志物,并且通常包括所有主要的基因组变异类别(SNV、插入缺失、CNV、融合、剪接变异),以及大基因组特征(TMB、MSI),最大限度地提高发现临床目标变异的能力。

整合检测,节省时间和珍贵样本

CGP可将多个生物标志物的检测整合到单个多重检测中,无需进行连续检测。这种单次检测不仅可以评估普通的生物标志物,还可以评估罕见的生物标志物。通过同时评估所有生物标志物可增加发现阳性生物标志物的机会。这也许能更快速地提供检测结果、节约活检样本、减少再次进行活检的需要1-3

识别可操作的变异

CGP可以提供可操作的结果,帮助癌症患者找到更有效的治疗途径。无法进行组织活检时,液体活检的CGP可以提供有关肿瘤基因组组成的有用信息。同时进行组织活检和液体活检的CGP可以揭示更多关于肿瘤组成的信息。4,5

潜在目标变异的百分比

多项研究表明,CGP能够识别不同肿瘤类型中潜在的临床相关基因组变异。

从患者样本中识别的潜在目标变异 患者队列 作者
339例患者参与的单中心前瞻性研究。包括多种类型的难治性癌症:卵巢癌(18%)、乳腺癌(16%)、肉瘤(13%)、肾癌(7%)等 Wheeler et al 20166
100例患者参与的前瞻性研究,包括不同组织学、罕见或预后较差的癌症 Hirschfield et al 20167
包含10,000例晚期癌症患者的前瞻性研究,涉及多种实体瘤类型 Zehir et al 20178
包含96例患者的回顾性研究,涉及多种肿瘤类型 Reitsma et al 20199
6,832例NSCLC患者 Suh et al 201610

每项研究中鉴定出的目标变异的百分比根据患者队列、研究类型、使用的CGP panel以及将基因组变异归类为目标变异所采用的标准的不同而不同。

存档数据。

通过CGP改善患者结局


 
鉴别最适合的分子匹配疗法

一份活检,一次检测,一份报告,即可改善患者治疗结果

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Marjolijn Ligtenberg

专家们如何评价全景变异分析?

听一听病理学家Marjolijn Ligtenberg(拉德堡德大学医学中心肿瘤遗传学实验室)等人介绍CGP为患者和医护人员带来的好处。

CGP与其他NGS方法的比较

CGP vs单基因检测

单基因检测只能检测一种生物标志物。这类检测通常不会覆盖整个基因序列,有可能会遗漏掉重要的基因变异。

CGP vs靶向panel

靶向panel通常只覆盖热门基因,而不是整个编码区序列。因此,使用这种方法可能会遗漏掉重要的变异。

与靶向panel相比,全面的单次检测可以评估大量生物标志物,增加了获得相关信息的机会。

CGP vs外显子组测序

CGP能以更低的成本获得与全外显子组测序相同的TMB结果。

由于在开发个性化医疗方法时,全外显子组测序的成本可能较高,因此人们倾向于采用较少的测序来获得准确的TMB评估。

市场上有很多令人印象深刻的新疗法,其中包含了需要检测的新融合。

Ludovic Lacroix
古斯塔夫·鲁西癌症研究所 (Institut de Cancérologie Gustave Roussy)
医学生物学与病理学系

在OmniSeq,我们首选全景变异分析进行检测,仅需极少的样本即可检测多个生物标志物,并且会得到一份整合的报告。

Jeff Conroy
OmniSeq首席科学官

在我看来,可靠的CGP分析应包括DNA分析和RNA分析。越来越多的数据表明,仅通过DNA分析可能会漏检临床相关的变异。

Nikoletta Sidiropoulos
佛蒙特大学分子病理学主任

从单基因或单个生物标志物检测到综合panel检测方法的转变是由一系列因素驱动的,其中包括单一综合panel的固有效率,这在癌症和其它组织有限的样本中非常关键。

Jeremy Wallentine
Intermountain Precision Genomics实验室主任

对于CGP而言,包含DNA和RNA靶点非常重要。RNA融合在某些癌症中非常重要,你需要看到确切的RNA融合。

周晓燕教授
复旦大学上海肿瘤研究所分子病理实验室(参考实验室)负责人

各个指南中CGP检测纳入的相关生物标志物

全景变异分析可在单次检测中对数百个相关生物标志物进行与肿瘤类型无关的检测,能够大幅节省样本、时间和成本。

全景变异分析的基因内容通常与多种肿瘤类型相关,相比之下,单一标志物检测或热点检测通常是针对特定的癌症类型设计的。

泛癌生物标志物      NTRK1        NTRK2        NTRK3        MSI        TMB
肺癌 黑色素瘤 结肠癌 卵巢癌 乳腺癌 胃癌 膀胱癌 肉瘤
AKT1 BRAF AKT1 BRAF AKT1 BRAF MSH5 ALK
ALK CTNNB1 BRAF BRCA1 AR KIT PMS2 APC
BRAF GNA11 HRAS BRCA2 BRCA1 KRAS TSC1 BRAF
DDR2 GNAQ KRAS KRAS BRCA2 MET   CDK4
EGFR KIT MET PDGFRA ERBB2 MLH1   CTNNB1
ERBB2 MAP2K1 MLH1 FOXL2 FGFR1 PDGFRA   ETV6
FGFR1 NF1 MSH2 TP53 FGFR2 TP53   EWSR1
FGFR3 NRAS MSH6   PIK3CA     FOXO1
KRAS PDGFRA NRAS   PTEN     GLI1
MAP2K1 PIK3CA PIK3CA         KJT
MET PTEN PMS2         MDM2
NRAS TP53 PTEN         MYOD1
PIK3CA   SMAD4         NAB2
PTEN   TP53         NF1
RET             PAX3
TP53             PAX7
              PDGFRA
              PDGFRB
              SDHB
              SDHC
              SMARCB1
              TFE3
              WT1

T这里只展示了部分基因,不是详尽的清单。

咨询专家,了解有关CGP的更多信息
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特色文献
  1. Pennel AP, Mutebi A, Zheng-Yi Z, et al. Economic Impact of Next-Generation Sequencing Versus Single-Gene Testing to Detect Genomic Alterations in Metastatic Non–Small-Cell Lung Cancer Using a Decision Analytic Model. JCO Precis Oncol. 2019. doi.org/10.1200/PO.18.00356.
  2. National Comprehensive Cancer Network. https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/default.aspx. Accessed March 25, 2019.
  3. Lindeman NI, Cagle PT, Aisner DL, et al. Updated Molecular Testing Guideline for the Selection of Lung Cancer Patients for Treatment With Targeted Tyrosine Kinase Inhibitors: Guideline From the College of American Pathologists, the International Association for the Study of Lung Cancer, and the Association for Molecular Pathology. J Mol Diagn. 2018 Mar;20(2):129-159.
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