测量测序精确度

了解质量分值、或Q值及其对测序运行的意义

测序质量分值

测序质量分值用来评估碱基的错误检出率。利用边合成边测序(SBS)技术,read中的每个碱基会得到基于phred样算法1,2(与最初为桑格测序实验开发的算法类似)的质量分值。

测序技术视频
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了解Illumina SBS如何工作

指定碱基的测序质量分值Q是按照如下公式定义的:

Q = -10log10(e)

其中e是预估的碱基错误检出率。

  • Q值高,说明错误率低。
  • Q值低,可能会导致不可用read的比例显著增高。还可能导致假阳性变异检出率增加,得出不正确的结论。

如下所示,20的质量分值代表了错误率为1/100,对应的检出准确率为99%。

SBS技术综述

Illumina技术对SBS测序化学进行了优化,支持大规模平行测序。

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测序质量分值与碱基检出精确度的关系
质量分值碱基的错误检出率推断的碱基检出精确度
10 (Q10)1/1090%
20 (Q20)1/10099%
30 (Q30)1/100099.9%
灵活地用于多种测序应用

利用强大灵活的NextSeq系列产品对全基因组、外显子组、转录组等进行测序。

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NextSeq系统

Illumina测序测序化学过程提供较高的精确度,绝大多数碱基得分在Q30及以上。这种精确度水平是多种测序应用的理想选择,包括临床研究。

关于测序质量分值的更多深度信息,请阅读如下技术说明:

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参考文献
  1. Ewing B, Hillier L, Wendl MC, Green P. (1998): Base-calling of automated sequencer traces using phred.I. Accuracy assessment.Genome Res.8(3):175-185
  2. Ewing B, Green P. (1998): Base-calling of automated sequencer traces using phred.II.Error probabilities.Genome Res.8(3):186-194