轻松的肿瘤测序数据分析

肿瘤与配对的正常样本测序数据的比较帮助人们深入了解癌症机制

肿瘤-正常测序的数据分析

肿瘤测序实验能产生有价值的数据,帮助人们深入了解驱动肿瘤发生的改变。BaseSpace基因组学计算环境中按键式的工具,如Tumor-Normal Sequencing App,简化了大规模肿瘤测序数据集的分析和查看。研究人员也能在BaseSpace中探索和评估示例数据集,如本页中所示。

这个视频教程介绍了如何登录BaseSpace,并获取肿瘤测序数据。它还简要介绍了BaseSpace Project页面,以及每个部分包含的数据。

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这个视频教程介绍了BaseSpace中Tumor-Normal Sequencing App生成报告中的结果。

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这个视频教程显示了如何在Broad研究院的Integrative Genomics Viewer(IGV)中加载肿瘤测序数据,这是BaseSpace中一个免费的应用程序。

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这个视频教程显示了如何利用IGV来查看肿瘤和正常样本之间的变异。这个例子强调了TP53中的一个插入缺失,以及1号和8号染色体之间的一个易位。

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肿瘤测序数据是由HCC1187乳腺导管癌细胞系和同一个人的配对类淋巴母细胞产生的。(注意,类淋巴母细胞HCC1187 BL不代表与肿瘤组织相同类型的配对正常样本,其使用是为了让测序数据能够共享。)

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BaseSpace Tumor-Normal Sequencing App
  • 检测肿瘤和配对的正常样品中的体细胞变异
  • 为全基因组测序数据而设计
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BaseSpace Correlation Engine

一个基因组数据库,以便从肿瘤测序数据中鉴定机制、药物靶点以及预后或预测的生物标志物。

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肿瘤测序数据的更轻松分析和存储

云计算基因组学的高级副总裁Alex Dickinson解释了BaseSpace如何帮助研究人员轻松运行先进的生物信息学工具。

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查看BaseSpace中的肿瘤测序数据

了解一下如何查看BaseSpace中的肿瘤-正常样本测序数据。

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资料

*Shared in accordance with the terms of a licensing agreement with the University of Texas Southwestern Medical Center, the owners of the cell line.